本校之創設係由開辦天主教新竹教區之杜寶晉主教，於民國五十年受教宗聖若望廿三世派任後，鑒於新竹地區莘莘學子求學不易，乃決意創校。杜主教為籌措建校經費，展開歐美各地勸募之旅，備極艱辛，終於在民國五十二年春集資置地設校。命名「磐石」，乃取自聖經中（瑪竇福音十六章18節）耶穌對宗徒西滿．刻法(Šimʻōn Kêpâ)所說的話：「你是伯多祿(PETRUS，意即磐石)，在這磐石上，我要建立我的教會，陰間之門絕不能戰勝它。」以勉勵本校師生效法聖伯多祿開創教會時克服萬難的精神，並期許學校日漸發展茁壯，成為社會發展的基石。

 本校自民國五十三年八月奉主管機關核准立案招生，開設初中部，五十六年增設高中部。五十七年因政府推行九年國民義務教育，停辦初中部。其後考量社會失學青年眾多，為使其繼續接受教育，於五十九年增設高、中級補習學校。復為配合政府經濟建設急需大量專業人才，六十四年於日、夜間部均增設電工科、綜合商科；民國六十六年增設機工科。開辦各專業群科期間，受天主教內思高工及曙光女中人力、物力之大力協助，方有今日規模。七十六年實施新課綱，改為電機科、商業經營科、機械科。八十二年恢復國中部；並於九十年將商業經營科改設為資料處理科。全校現有專任教職員工一百三十餘人，學生五十三班，計二千三百餘人。

 本校自創設以來均由新竹教區主教領導董事會，大力支持學校發展，杜寶晉主教辛苦草創、篳路藍縷；劉獻堂主教穩定發展、日漸茁壯；李克勉主教銳意革新，勵精圖治，使學校治理日趨穩定，皆功不可沒。六十年間歷經多位校長為磐石經營擘劃，李平和神父為創校校長，學校從無到有，籌備規劃辛苦造就。其後陳驊騮副主教、賀人龍神父、范文忠神父等三年或四年一任接續經營，至此本校校長均為神職人員擔任。民國六十四年由教友陳明清校長接手後，歷經十多年的銳意經營，磐石校譽蒸蒸日上，學生人數翻倍成長，因辦學有成，受教宗頒贈聖大額我略教宗騎士團騎士指揮官勳章及爵位。民國七十八年汪甲一校長接任，於穩定中求發展，亦受到教宗肯定，受封為「聖思維教宗騎士團」勳章。王新化校長於民國九十年受任為本校第七任校長，秉持國家教育政策及教會辦學理念，學校經營更加制度化、透明化，以博愛之福音精神，實踐誠樸勤儉校訓，謀求校務發展。民國一零二年陳方濟先生接任第八任校長，藉由積極參與各項競爭型計畫，培養同仁對於教育環境變遷的敏銳反應，爭取補助經費以更新學校設備，並積極與大學及企業聯結合作，以謀求學校發展，回應當前教育主流議題，善盡社會責任。民國一零八年政府開始推動十二年國民基本教育，高中課程面臨巨大變革，本校掌握此一契機，積極推動各項新興科技融入教學，以科技輔助學生學習，卓然有成，於一一零、一一一學年連續榮獲教育部評定為特優學校，師生均感振奮。

 一一二學年適逢本校六十周年校慶，師生無不以歡欣鼓舞的心情迎接此一里程碑的到來。瞻望前程，學校未來發展雖面臨少子女化時代來臨的激烈衝擊，復以現今個人自我意識及權利觀念不斷被鼓吹提升，學校及教育人員面臨觀念及作法上的巨大挑戰及變革，但我們深信，只要繼續堅守教會辦學的初衷及價值觀，在校園中營造「愛與分享」的氛圍，堅定地培養磐石學子願意成為有益於社會的「酵母」，繼續追求更進步有效的教學與輔導方式，與學生及家長共同成長，就能吸引更多人樂於認識我們、認同我們，進而願意與我們「同道偕行」，為建設更好的社會共同努力。

後記：民國一零二年由熱心之校友及家長集資，在校園中樹立本校主保聖伯多祿態像，以做為磐石師生的典範。伯多祿生性熱情勇敢，在成為耶穌門徒前是位漁夫，因其兄弟安德肋的引見而跟隨了耶穌。他雖然是位極其普通的人，但卻被耶穌揀選，成為首位宗徒，正象徵著天主的救贖是為了我們眾人而來的普遍救恩。伯多祿非常敬愛耶穌，堅信自己絕不會背棄耶穌，卻在耶穌被捕後三次否認祂，表現了人性的軟弱面！然而當他親眼目睹了復活的耶穌後，又重新得到了力量，深刻的「悔改」讓他感受到再被接納，這樣的激勵讓他搖身一變成為教會發展的重要推手與護衛者，成為整個天主教會的榜樣，也明示了經由悔改能讓我們與天主更加接近的勇氣與作為。

我們是天主所愛的子女，但天主愛的不僅是遵行祂旨意，努力過著成聖成善生活的我們，祂更愛的是正在經歷人生旅程中跌倒受傷、犯錯的我們。藉著深刻的反省與悔改，我們從天主得到改變自己，成為更好的人的動力，天主所愛的磐石師生也會成為社會向良善發展的重要基石。